L’origine du nom vient du patronyme latin Cassius, complété par le suffixe –onem courant en toponymie pour la désignation des domaines gallo-romains.
Au XIIè siècle, l’orthographe évolue et l’on retrouve trois écritures différentes : Chaisso, Chaisson et Cheison pour nommer le bourg. Puis Chaisson-la-Chapèla (en occitan) et enfin Cheissoux-la-Chapelle fait son apparition sur les actes administratifs.
Au Moyen Age, Cheissoux avec ses trois villages ; la Texonnière, Villemonteix et Villetelle est une paroisse. Elle devient succursale de Bujaleuf au XVIè siècle, ensuite section cadastrale de Champnétery.
Vers 1825, les habitants de Cheissoux obtiennent leur rattachement à la paroisse de Bujaleuf. A cette époque on dénomme encore la paroisse, Cheissoux-la-Chapelle.
Dès 1865, les habitants de Cheissoux demandent à l’Evêque l’autorisation de former une paroisse distincte de celle de Bujaleuf, mais le conseil municipal s’y oppose.
En 1869, Cheissoux est érigée en paroisse et en 1871, huit habitants de Cheissoux s’adressent au Préfet pour obtenir la distraction de la section de Cheissoux, de la commune de Bujaleuf. Les motifs invoqués sont le manque d’entretien de la chapelle, des chemins et de l’école. C’est le début d’une longue procédure, composée de pétitions, enquêtes et contre-enquêtes, avis favorables et défavorables, interventions du curé et du député…
Puis, le 14 févier 1905, le Président de la République, Emile Loubet, érige en municipalité distincte la section de Cheissoux et les 19 et 26 mars 1905 ont lieu les premières élections de la commune.